Les évènements de Kumo se sont précipités à une vitesse ahurissante au cours de l'année passée. Alors que personne ne s'y attendait, le conseil fut décimé par le Capitaine du Shiryoku, Tenbatsu Raïken, qui fut banni du village pour cette vilénie. Durant une courte période, Shinwa Imari devint la personne à occuper le poste de Capitaine tandis que trois autres shinobis accédèrent à des rangs d'émissaires dans le but de relever le village. Néanmoins, le calme ne demeura pas. Frappée dans leur orgueil par Raïken lors du dernier examen Chûnin, la toute nouvelle alliance Suna-Iwa vint assaillir Kumo de leurs forces conjuguées. Les pertes furent lourdes et sans l'aide de mystérieux Nukenins, le village aurait péri lors cette attaque peu glorieuse... Les deux alliés se replièrent et ceci marqua un tournant pour Kumo.
Suite à cet échec, Obudenka Kyohi décida de laisser sa place de Raïkage à son ancienne élève, Matsuki Shizuru, rappelée de ses missions pour remplir son nouveau rôle. La jeune femme, étrangère à toutes les querelles internes entre les trois différentes factions somma le calme et la réunion en une seule et unique bannière, celle des shinobi de Kumo. La paix règne jusque lors et la reconstruction se fait sur de nouvelles bases. En effet Shizuru réforma l'organisation du village en rayant les émissaires de l'histoire et en ne prenant que deux conseillers l'épaulant surtout pour les petites tâches. Imari et Kyohi devinrent Gensui, titre honorifique mettant en avant leur puissance ; Tandis que Lokyu Arkhon, accéda au rang de Capitaine du Yuukoku, une force d'élite ne se cachant derrière aucun subterfuge. Enfin, un échange de bons procédés avec Kiri aboutit à une alliance encore non exploitée à ce jour. Le calme avant l'orage, comme diraient de vieux sages du pays de la Foudre...

La paix, une chose recherchée par bon nombre d'humains sur ces terres mais si difficile à atteindre. Poussée par ses deux conseillers, Shizuru a tenté d'engager les discussions avec Kanamori Kuran pour arriver à un cesser-le-feu sous la bienveillance de Konoha ; espérance bien éphémère. Les discussions arrivaient à un point sans consensus et de nombreux points noirs demeuraient, impossible d'accepter un quelque traité pour Kumo. Chose qui fut encore plus impossible lorsqu'une bande de Nukenin vint semer la pagaille lors de cette réunion. Une explosion ébranla la salle où se trouvaient les trois Kage et les shinobi postés en dehors s'accusèrent mutuellement, montrant bien le manque d'envie d'enterrer cette hache de guerre. Tout se termina sur la chute des assaillants mais la fin de certains fanatiques demeure incertaine.
Les pertes sont limitées et les négociations rompues. Si la guerre ne demeure pas aussi virulente que par le passé, l'animosité ne quitte pas le coeur des ninjas.

Après la paix, la guerre. Inévitable, insidieuse... le village des nuages ne pouvait ignorer l'appel du nouveau Mizukage, Kiryu Shinjiro. L'attaque sur le village d'Iwa fut rapide, violente, dévastatrice. Nombreux sont les adjectifs qui pourraient caractériser la bataille mais les cicatrices parlent d'eux même.

Après des années d'isolement, Kiri bouge enfin. Un représentant de Konoha, puis le Kage en personne, viennent afin de conclure un début d'alliance, se basant pour le moment sur l'échange d'informations au sujet des Nukenin, et surtout sur l'organisation d'un examen commun aux deux villages pour promouvoir de nouveaux Chûnin. De l'autre côté des espions d'Iwa sont trouvés aux frontières, entamant des relations tendues avec le village de la roche. Pendant ce temps le village de la brume entame d'affaiblir Kumo en faisant assassiner les membres de son conseil, tâche effectuée par le Premier Sabreur, Kiryû Shinjirô en personne, avec l'aide surprise d'un des plus puissants membres du village des nuages, Tenbatsu Raïken.
Alors que la situation semble se tasser un peu, Kiri doit faire face à deux autres menaces. Une, fugace, en l'attaque d'une créature inconnue directement sur le village. Elle est repoussée par l'effort commun de tous les habitants, mais une question se pose toujours. Quelqu'un est-il derrière cela ? Mais, pour empirer encore la situation, un puissant Kinjutsu est volé par un de ceux chargés de le protéger, créant un nouvel ennemi pour le monde Shinobi, et particulièrement pour Kiri, en la personne de Damasu Takeshi.

Puis le temps de bouger de nouveau arrive. Raïken, qui a déserté son village pour devenir Nukenin, vient demander du travail. Kakyō y voit alors une occasion de commencer à agir contre Iwa. Il engage ainsi le déserteurs et ses hommes pour une tâche complexe, détruire l'académie d'Iwa, dans le but de porter un coup dur au moral de ce village. Tâche qui est acceptée en échange d'armes comme paiement. Il était juste nécessaire de suivre avec attention la suite des événements pour s'assurer de la réussite de la mission. Le Mizukage décide ensuite de former alliance avec Kumo, qui a subi l'attaque combinée de Suna et d'Iwa il y a peu. Ceci toujours dans l'optique d'une guerre qui ne saurait tarder contre le village de la roche, mais également pour avoir un point d'attache au continent, Kiri proposant son aide à un village qui en a visiblement bien besoin.
Mais, au même moment, des rumeurs inquiétantes prennent de l'ampleur. Kiri aurait attaqué Konoha, chose bien évidemment fausse. Si au début peu de crédits y est apporté, force est de constater qu'elles ne se taisent pas et que les tensions sont bien palpables. La disparition d'un Shinobi de Kiri en plein Hi no Kuni marque le moment pour le Mizukage d'aller voir en personne ce que tout cela veut dire...

Le temps passe. La guerre manque d'éclater entre Kiri et le village de la Feuille mais un entretien de dernière minute entre les têtes pensantes des deux nations permet de tirer au clair quelques uns des évènements. L'un et l'autre constate qu'un groupe tente de semer le trouble entre eux. Les prisonniers sont relâchés et plusieurs enquêtes s'ouvrent. Celles-ci ne conduisent malheureusement à aucune piste tangible. La suspicion reste de mise entre les deux nations mais rien qui semble mettre en péril leurs relations.
De son côté, Iwa progresse toujours. L'émergence du nouveau Tsuchikage, Ace, donne un sacré coup de fouet à cette nation. Ce dernier désire savoir si Kiri est vraiment responsable de la destruction de son académie. Il se rend alors aux portes de Kiri avec deux hommes d'élite. Kakyô étant absent, Shinjirô empêche les émissaires d'Iwa de pénétrer dans le village. Sans succès : Ace parvient à atteindre le palmais du Kage et subtilise alors le dossier confidentiel concernant le Projet Kiriyama ! Ils repartent sans avoir l'occasion de parler à Kakyô. Shinjirô décide alors de quitter Kiri pour accentuer sa maîtrise du Zanjutsu. Il disparait de la circulation. Le Mizukage en profite alors pour faire passer l'unité des Sabreurs sous sa coupe, ce qui n’était pas le cas lorsque le colosse en était à la tête. Cela est mal prit par certains des épéistes. Être considéré comme un vulgaire garde du corps ne plait pas à la majorité d'entre eux.

Iwa et Kiri reprennent contact. Une réunion au sommet est alors prévue pour mettre au clair les relations entre les uns et les autres, sous couvert d'un examen genin. Kakyô accepte et se rend sur le lieu du rendez-vous. Accompagné de sa nouvelle unité spéciale, le Onryô. L'examen passe et les dirigeants décident de se parler sur terrain neutre. L'intervention d'un groupuscule au coeur même de la réunion sabote toute tentative de réconciliation. Iwa apprend que Kiri est réellement le responsable de l'attaque de l'académie. La guerre est déclarée. Kakyô perd son bras suite à son combat contre Ace.
Retour au village. Organisation de la guerre. Mais les sabreurs en ont assez. L'un d'entre eux, Toria, se soulèvent et décide de quitter Kiri. Il tombe alors sur une unité d'élite d'Iwa en charge d'éliminer la menace "Kiriyama". Et pendant ce temps, Konoha et Suna dépêchent des émissaires pour connaître la position de Kiri à leur égard. L'île est détruite. Kakyô disparaît. Shinjirô, de retour après de longs mois, prend le pouvoir. Si Suna repart en bon terme avec lui, ce n'est effectivement pas le cas de Konoha. Car l'insulte d'un des envoyé scelle son destin et celui du village de la Feuille : l'homme est abattu froidement. L'Hokage repart, ne laissant que peu de doute quant au conflit qui risque d'éclater.

Afin de se donner un peu d'air et de venger la destruction de l'île, Shinjirô organise une grande bataille. Iwa sera à moitié détruit par cet assaut redoutable, laissant au monde le visage d'un Kiri conquérant. L'Hangyaku apparaît alors à la face du monde. Et les premiers contact sont prit entre le Mizukage et Hakaï, représentant officiel de cette alliance.

Au terme d'une tentative infructueuse de rencontre avec le Tsuchikage, Kagane Eichiro, Sandaime Hokage de Konoha se rend à Mizu no Kuni dans le but de parlementer avec le Mizukage. La rencontre donne suite à un espoir de bonne entente, et c'est dans cette optique que se déroule l'Examen Chûnin rassemblant les protagonistes dans l'enceinte de Konohagakure. Mais alors que tous les esprits tendent vers une Alliance entre les deux Pays, une crise secoue Konoha, revêtant la forme d'un assaut brutal et sournois de la part des Shinobis de Kiri.

Ces péripéties laisseront le Village de la Feuille gravement stigmatisé, tant par les dégâts qui affligeront les édifices comme l'Académie complètement dévastée, que par les morts et le lourd ressentiment qui en découlent. A la suite de cette bataille à sens unique, un coup d'état se profile à l'encontre du Daimyō, rapidement déjoué à la suite d'une bataille donnant lieu à la mort de Yunada Hakuno, abattu de la main d'Uchiwa Kyoshi. Cette bataille révèlera le secret maintenu sur le lien du Sandaime Hokage avec le Clan maudit des Uchiwa.

Un temps passe consacré à la reconstruction du Village, et à la reprise du souffle des habitants, mais dans l'ombre se dressent de nouveaux ennuis. Kanade Mitsuo s'insurge silencieusement contre le règne de Kagane Eichiro, et gagne peu à peu des partisants qui suivent son sillage dans l'attente d'un signe. Contre toute attente, un Shinobi du Vilage de l'Eau, Asano Ryushi apparait aux Portes du Village, et se fait promptement mettre aux arrêts. Ses faits et ses dires tendent à infirmer la participation de Kiri aux évènements survenus plus tôt, ce qui agitera quelques esprits au sujet de l'incohérence de la situation.

Le signe attendu par les détracteurs de Kagane Eichiro viendra promptement avec la marque d'une mission destinée à l'Hokage en personne, consistant en la chasse et l'exécution d'une Nukenin. Cependant, cette femme revêt une importance particulière à ses yeux, ce qui le poussera à déserter Konoha pour ne pas avoir à choisir entre deux formes de loyautés. Kaa prend sa succession sous sa volonté en tant que Yondaime Hokage, et se voit mis au courant du réel aspect de cette désertion.

Grâce aux discussions avec Asano Ryushi et à l'arrivée de Kyōshirō Kakyō pour le récupérer, Konoha et Kiri mettent les derniers évènements à plat et réinstaurent une entente favorable entre les deux Villages.
Par la suite, Konoha est mandée pour faire office d'organisation lors d'une rencontre entre les Kages respectifs de Suna et Kumo. La finalité de cette rencontre est l'enterrement de la hache de guerre. Mais alors que les négociations commencent, les évènements prennent un cours inattendu. Des Nukenins inconnus surgissent et s'attaquent avec une puissance inouïe aux Ninjas réunis du Sable, du Nuage, et de la Feuille. Un nom, celui du leader de cette escarmouche, s'imprime dans les esprits : celui d'Adama Kain. Mais malgré leur possession de Bijuus, les ennemis sont repoussés, et les négociations ajournées.

Konoha et Suna entretiennent une correspondance qui amènera Kanamori Kuran et Zigu Kaa à organiser un Examen Chûnin dans le Pays du Vent. Au terme de cet Examen, une Alliance est proclamée. Durant l'absence de l'Hokage à Konoha, un groupuscule renaît de ses cendres, sous les directives de Nara Ryôga : La Racine prolifère à nouveau sous l'Arbre.

Aussitôt rentré à Konoha avec ceux qui l'avaient accompagné à Suna, le Yondaime Hokage se dirige vers Kirigakure. Soucieux de ne pas ruiner les efforts des deux Villages pour se respecter à nouveau, il souhaite les informer de cette nouvelle Alliance en personne. Suna et Kumo étant encore farouchement opposés, Kiri étant allié à Kumo, et Konoha nouvellement allié à Suna, mettre les choses au point semble être une nécessité. Pour ce voyage, il emmène avec lui Kay et Sho Fukurou, deux Konohajins qui s'approchent le plus d'élèves à ses yeux.

Pendant la semaine durant laquelle ils séjournent à Kirigakure, Kyōshirō Kakyō succombe mystérieusement, et Kiryû Shinjirô, le Premier Sabreur, prend sa place à la tête de la nation. Il est informé de l'Alliance, et les Konohajins sont en passe de rentrer chez eux. Mais une scène imprévisible remet tout en question, lorsque sous l'oeil des deux Kages, l'homme de main du Mizukage, Akhileus Nash, met à mort Kay.

Le Yondaime Hokage rentre à Konoha, et le lendemain, déclare la guerre à Kirigakure. La Kirijin Kasura Reira se rend à Konoha sans avoir connaissance de ce fait, et se fait capturer et enrôler de force par l'Hokage. Elle est par la suite libérée par un inconnu sans attache nommé Ranshiro Hakaï, qui dans sa fuite, détruisit un pan de la falaise sur laquelle trône les visages des Hokage précédents.

Plus tard, Kaa partit sans en référer à quiconque, pour exécuter une tâche qui le concernait uniquement. C'était la dernière fois qu'il marchait dans Konohagakure. Durant son absence, le Daimyô et le conseil prirent des initiatives qui le virent destitué de ses fonctions. Yamanaka Yamiko prit sa suite, annonçant des mesures plus sévères et objectives pour le Village. L'ANBU est dissout et remplacé par le Keisatsu, dirigé par Hotaru Toshi.

Peu de temps après, deux hommes furent envoyés à Suna pour apprendre à l'Allié de la Feuille la succession de Yamiko à Kaa. Inuzuka Tetsuka et Natoshi Miku. Mais malgré l'intention originelle de consolider l'alliance, une altercation entre Miku et le Kazekage, Kanamori Kuran, éclata. Le Chûnin et l'Inuzuka regagnèrent Konoha. Les conséquences des actes de Miku semblaient peser sur Konoha comme une épée de Damoclès.

Plus tard, la maladie de Yamiko commença à se déclarer. Elle se trouva progressivement dans l'incapacité de prendre la moindre décision. Une maladie inconnue, et sans doute mortelle, la consumait lentement, jusqu'au jour où sa conscience se perdit. L'Hokage n'était plus apte à régir Konoha. Des mesures devaient être prises.

Kiritsu Reiji, l'homme à l'origine de la Barrière Défensive englobant Konoha fut appelé pour mettre Yamanaka Yamiko sous un Kekkai protecteur jusqu'à ce qu'un remède soit découvert, ou que la mort l'emporte. L'homme s'exécuta, et trouva au sortir de sa retraite Konoha plongée dans un prémisse au chaos que provoquerait l'incapacité de l'Hokage à régner. Sans attendre que la guerre civile ne déchire le Village, il réunit deux hommes, Yamanaka Masaki et Hotaru Toshi, les personnes les plus aptes à reprendre Konoha, et forma le Triumvirat.

Quelques semaines plus tard, Konoha fut convoqué à une réunion du Gokage. Yamanaka Masaki et Hotaru Toshi, accompagnés d'une escorte, se rendirent sur les lieux du rendez-vous. Mais ils ne trouvèrent pas ce à quoi ils s'attendaient. La réunion n'était qu'un traquenard orchestré par Kanamori Kuran, qui à l'aide de son armée, réduisit à néant les forces Konohajins. Il passa un accord, fort de sa victoire, mettant Konoha sous l'égide du Pays du Vent. Konoha accepta cette prise de pouvoir de mauvaise grâce. La révolte grondait dans les cœurs des Konohajins.

Aussitôt après le retour des forces brisées de Konoha au Village, un homme se présenta aux Portes, et devint, suivant le souhait du Kazekage, le troisième membre du Triumvirat, à la place de Toshi qui avait perdu la vie durant la bataille. Haishin Jin. Tel était le nom du Sunajin qui arborait alors le Bandeau de Konoha.

Grâce au prétexte des examens Chûnins, Iwa esquisse une alliance avec son ancien ennemi frontalier, le Pays du Vent. Alliance qui entrainera le Village Caché de la Roche à la suite de celui du Sable dans une guerre portée aux rempart de la trop belliqueuse Kumo. La bataille est féroce, les pertes nombreuses de tous les côtés. C'est une bête blessée que laissent les deux nations après leur passage semi-victorieux. Et le retour de bâton frappe, la violence appelle la violence. Le village est assaillit par les hordes de mercenaires payés par la pègre de Kusa, mais résiste tant bien que mal. Les fiers Iwajins défendent bec et ongles leur patrie, faisant le sacrifice de leur sang et de leur sueur, et ce dans un climat d'incertitude totale, le Tsuchikage ayant mystérieusement disparu à la veille de la bataille, probablement tué par d'obscurs assassins. Le Commandant mène la barque, tentant de maintenir la cohésion de toute une nation maltraitée par les événements. Et les menaces sous-jacentes du Pays de l'Eau, personnifiées par le Premier Sabreur lui même, n'aident pas à apaiser les tensions...d'un autre côté, l'alliance entre Suna et le Village de la Roche se renforce, du moins jusqu'à ce qu'une bande de nukenins barbares, menés par l'ancien Capitaine du Shiryoku Tenbatsu Raiken, ne mettent en place une opération visant à détruire l'Académie d'Iwa. Les shinobi du village défendent vaillamment chaque parcelle de terrain contre cette équipe que rien ne semble arrêter. Et l'action conjointe du Tsuchikage et du Kazekage parvient à maintenir l'Académie en état, alors qu'elle s'effondrait, les nukenins ayant réussi leur travail de sabotage. Cependant, la trahison du Kazekage, voulant s'accaparer l'un des prisonniers fait pendant l'opération, Igaku Kojiro, second de Raiken et ancien shinobi de Suna, laisse planer un doute sur la solidité de l'alliance qui unit les deux villages...

Suite à cette attaque. Le Conseil en accord avec le Daimyo du pays de la roche nomme Kaldeara Ace comme Tsuchikage. Ce dernier mis en place une politique très agressive, qui eut comme avantage de faire taire les tensions avec Kumo, mais comme conséquences d'en faire naître de nouvelles avec Suna, brisant l'ancienne alliance. Et, dans son enquête pour trouver les responsables de la destruction de l'Académie, il se rendit à Kiri. Incapable de croiser le Mizukage, il organisa quand même un examen Chûnin conjointement avec le village de la brume.
Si tout aurait pu se dérouler simplement, l'intervention d'un groupe inconnu mis le feu aux poudres. Surtout lorsque ceux ci révélèrent que Kakyô, le Mizukage de l'époque, était bien celui qui avait engagé les Nukenin responsable de l'attentat. Ceci marqua une véritable déclaration de guerre entre les deux villages. A son retour à Iwa, Ace mis aux arrêts le Conseil et le Daimyô, faisant un véritable coup d'état et imposant une dictature.

Cette action ne plu pas à tous et les nobles de la cour du seigneur de Tsuchi no Kuni envoyèrent le chef d'un unité sous leurs ordres et disposant des mêmes capacités que les Shinobi. Profitant de son retour d'une mission pour récupérer un Nukenin, et surtout de la présence de son ancien amour, cet homme captura le Chevalier de Diamant qui refusait de faire marche arrière. S'ensuivit alors une exécution publique en tant que traître du Tsuchikage, la libération de ses prisonnier et l'annonce de son successeur. Le même qui avait été responsable de sa mort, Kurama Atsurô, prenait sa place à la tête d'Iwa, désigné par le Daimyô et sous la suspicion de plusieurs habitants qui n'appréciaient guère qu'un inconnu les dirige.
La première épreuve du nouveau Kage fut de faire face à une attaque conjointe de Kiri et Kumo, qui laissa destruction derrière elle. Démontrant que les défenses installées par ses prédécesseurs étaient vaines, le nouveau dirigeant du village de la roche fit reconstruire le village selon de nouveaux plans.
Ce fut ensuite aux Nukenin de faire leur apparition, ceux ci voulant récupérer Pimiko, l'ancienne compagne d'Ace qui l'avait accompagné et qui était restée, plus ou moins contrainte, à Iwa. L'affrontement qui en découla fut l'occasion de tuer l'un de ceux qui semblait être leur leader, mais, grâce à des otages qu'ils avaient pris, les Nukenin purent obtenir ce qu'ils voulaient chercher et repartir. Acte qui devra forcément être puni.

Mais, entre Kiri, Kumo et les Nukenin, les ennemis d'Iwa semblent nombreux. Voulant éviter d'en avoir un supplémentaire, Suna fut approché de nouveau, ne demandant non pas alliance mais au moins des relations neutres. Et de la conversation entre les deux Kage germa l'idée d'une réunion du Gokage...

La sélection des Chûnins est passé, et à découvert de nouvelles personnes: Hashimoto Lala et Igaku Kojiro. Qui plus est, la tentative de Kanamori Kuran pour mettre en place une alliance avec Kumo et Iwa a partiellement échoué.
Alors qu'une alliance avec Iwa se fait sentir de plus en plus, le Nukenin Tenbatsu Raïken est passé à l'action en attaquant le village. Il en résulte plusieurs dizaines de dommages matériels et la désertion du Chûnin Igaku Kojirô.
Sur ordre du Conseil, Kanamori Kuran contacte Iwagakure et attaquent de concert le village de Kumo. Les pertes sont importantes des deux côtés, et seuls quelques Genins tels que Fujibayashi Sheena ou Sabaku Yuuki arrivent vraiment à tirer leur épingle du jeu, malgré de coriaces adversaires. La force armée du village est mise en déroute, mais a tout de même réussi à dévaster le village.
Une tentative de coup d'état à lieu. Prévenu à l'avance, le Kazekage peut mettre en place plusieurs équipes emmenées par divers grades de la hiérarchie, pour contrer efficacement les perturbateurs. Tous s'illustrent dans leurs actes, et permettent à Suna d'emporter une nouvelle fois la victoire.
En faisant prisonnier l’ex Chunin Kojirô à Iwa, et en le ramenant à Suna, Kanamori Kuran déclanche une réplique massive des Nukenins contre le village. Des goupes, de Genins tels Monzaemon Gisei et Yuubin Soryito ou de hauts gradés tels que Mizuno Akio se forment et répliquent sans tarder. Les combats font rage dans les rues de Suna, tandis que l’avenir du village se décide entre les trois protagonistes les plus concernés de l’évènement.

Tenbatsu Raiken est mort, assassiné de la main même de son proche disciple, Igaku Kojirô. Ce dernier se révèle alors être un espion à la solde du Kazekage, bien que peu de gens veuillent le croire. Les évènements s’enchaînent alors : Iwa, dont l'Académie a été partiellement détruit lors de l'attaque, réclame la tête de l'Igaku et cesse toutes relations avec Suna. D'un état amical, les deux pays entrent dans une animosité réciproque.
Composant avec cela, le Conseil donne l'impulsion quant à de nouvelles alliances. Il est demandé à Kanamori Kuran de resserrer leur lien avec Konoha, et de se racheter auprès de Kumo pour les actes de barbarie commis à leur encontre. Une réunion est organisé pour débattre, et ce sous la tutelle du village caché de la Feuille. Alors que les discussions n'avançaient pas d'un pouce, une troupe de Nukenin fait violemment irruption et se met à attaquer toutes personnes réunies en ce lieu. Tandis que les Kages et Chef d'US sont aux prises avec de coriaces adversaires, le Kumojin et Sunajin s'attaquent de nouveau, sous l'oeil impuissant des Konohajin.
Finalement, l'assaut est repoussé, la tension retombe et chacun repart dans son coin, en ayant plus reculé qu'autre chose. Mais tout n'est pas perdu, et les relations entre Suna et Konoha sont au beau fixe, tant et si bien qu'un examen commun de Chunin est organisé dans le désert du pays du Vent. Les combats, acharnés mais fraternels, révèlent plusieurs talents au sein du village, tels que les frères Hashimoto ou Kyuso Jiro. Une alliance totale voit par la suite le jour entre les deux nations, qui aspirent à de meilleurs lendemains...